aggregate.hdf5
└─ aggregates
   ├─ 1bp_raw
   │  ├─ chr1_vs_chr1
   │  │  ├─ col
   │  │  ├─ data
   │  │  ├─ row
   │  │  └─ shape
   .  .
   .  .
   .  .
   │  ├─ chrX_vs_chrY
   │  │  ├─ col
   │  │  ├─ data
   │  │  ├─ row
   │  │  └─ shape
   │  └─ metadata
   │     ├─ blacklist
   │     │  ├─ experiment
   │     │  ├─ network
   │     │  ├─ project
   │     │  └─ run
   │     ├─ chrom_names
   │     ├─ chrom_sizes
   │     └─ exclude
   │        ├─ experiment
   │        ├─ network
   │        ├─ project
   │        └─ run
   └─ 5kbp_raw
   .
   .
   .