python /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/varbin.5k.sam.dedup.by.vt.py <(/mnt/wigclust5/data/safe/kendall/samtools-0.1.19/samtools view /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/<BARCODE_GROUP>/<SEQ_UNIT_ID>.r1.ucsc.hg19.bt1.sorted.vt.bypair.bam) /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/<BARCODE_GROUP>/<SEQ_UNIT_ID>.bt1.vt.r1.varbin.5k.txt /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/<BARCODE_GROUP>/<SEQ_UNIT_ID>.bt1.vt.r1.varbin.5k.stats.txt

python /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/varbin.5k.sam.dedup.by.vt.py <(/mnt/wigclust5/data/safe/kendall/samtools-0.1.19/samtools view /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/<BARCODE_GROUP>/<SEQ_UNIT_ID>.r2.ucsc.hg19.bt1.sorted.vt.bypair.bam) /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/<BARCODE_GROUP>/<SEQ_UNIT_ID>.bt1.vt.r2.varbin.5k.txt /mnt/wigclust5/data/safe/kendall/nla3_39/<BARCODE_GROUP>/<SEQ_UNIT_ID>.bt1.vt.r2.varbin.5k.stats.txt